Jan Długosz w swej kronice podaje, że powstanie klasztoru i kościoła było związane ze sprawą wikariusza katedry na Wawelu, Marcina Baryczki, który na polecenie biskupa krakowskiego, Bodzianty, udał się do króla Kazimierza Wielkiego, by zganić go za nadużycia moralne. Rozgniewany król kazał wikariusza utopić w Wiśle. Władca miał żałować tego czynu i w akcie ekspiacji za śmierć Baryczki ufundować kościół i klasztor św. Katarzyny. Tyle legenda. W rzeczywistości Kazimierz Wielki pragnął założyć uniwersytet i w związku z tym w 1342 roku sprowadził z Czech zakonników św. Augustyna – Ordo Fratrum Eremitarum Sancti Augustini, uważanych za najbardziej uczonych w ówczesnej Europie. Na ich czele stał o. Szymon Sporer z klasztoru w Domażlicach. Projekt budowy klasztoru i kościoła pw. św. Katarzyny, patronki szkół wyższych, wzorowany był na planie architektonicznym istniejącego wówczas augustiańskiego kolegium w Bolonii, gdzie istniał silny, tradycyjnie uznawany za pierwszy w Europie, ośrodek uniwersytecki, a od XV wieku szerzył się kult Matki Bożej Pocieszenia.
Szesnastowieczny kronikarz, Marcin Bielski, pod rokiem 1342 zapisał, że król osobiście położył kamień węgielny pod budowę kościoła i klasztoru św. Katarzyny, a w jego fundamenty rzucił swój pierścień. 11 listopada 1363 roku Kazimierz Wielki wydał dokument fundacyjny. W 1365 roku na prośbę przeora klasztoru, Mikołaja z Bochni, sufragan krakowski, biskup Tomasz, dokonał konsekracji kaplicy św. Doroty, która do czasu wybudowania głównego kościoła stała się miejscem nabożeństw. Trzynaście lat później, w roku 1378, w piątą niedzielę po Wielkanocy, która przypadła wtedy na 23 maja, na prośbę przeora Jana i z polecenia ordynariusza krakowskiego, biskup Jan konsekrował wzniesione mury prezbiterium kościoła i krużganków klasztoru na cześć i chwałę Jezusa Chrystusa oraz św. Katarzyny, św. Małgorzaty, św. Marii Magdaleny i św. Augustyna.
Z losami tego konwentu związanych było wielu znakomitych zakonników – sługa Boży ojciec Izajasz Boner, zwany błogosławionym (zm. ok. 1471 r.), profesor teologii na Uniwersytecie Jagiellońskim, którego proces beatyfikacyjny jest obecnie w toku; o. Szymon Mniszek (zm. w 1591 r.), fundator w r. 1583 zgromadzenia sióstr augustianek, kaznodzieja i spowiednik króla Stefana Batorego; o. Paweł z Wadowic (zm. 1616), doktor teologii, wikariusz generalny i profesor w Bolonii, a w latach 1614-1615 prowincjał; o. Tomasz Bratranek (zm. w 1884), profesor języka i literatury niemieckiej na Uniwersytecie Krakowskim w latach 1852-80, znawca i autor rozpraw o poecie Wincentym Polu.
Należy także wspomnieć, że augustianie byli znani z propagowania muzyki sakralnej, czego świadectwem są księgi liturgiczne, jak antyfonarze, graduały i hymnaria. Posiadali bogate archiwum i bibliotekę, które jednak nie przetrwały do naszych czasów. Kompleks klasztorny św. Katarzyny przechodził bowiem w swej historii nie tylko chwile świetności, ale i momenty tragiczne. Doświadczył pożarów i powodzi w latach 1556, 1604 i 1638, jak i trzęsienia ziemi w 1786 r., co zmuszało zakonników do nieustannych prac remontowych, a niekiedy nawet odbudowy całego obiektu. Jego dzieje zostały także zroszone krwią zakonników, którzy zginęli w czasie jednego z pożarów. W 1796 r. kościół został przeznaczony na magazyn wojskowy armii austriackiej. W 1802 r. kościół, a jeszcze wcześniej część klasztoru, wypełniono konstrukcją wielopoziomowych kondygnacji, na których złożono sterty zboża i siana. Austriackie władze wojskowe obiecały oddać kościół zakonnikom. Mimo tych zapewnień jeszcze przez wiele lat świątynia pełniła funkcję wojskowego spichlerza i nie zanosiło się na rychłe jej odzyskanie.
Włączenie w 1809 r. Krakowa do Księstwa Warszawskiego nie przyniosło poprawy i w dalszym ciągu kościół służył jako magazyn wojskowy. Niewiele też zmieniło się po utworzeniu Wolnego Miasta Krakowa w 1816 r. Sytuacja była tak tragiczna, że groziła zawaleniem się gmachu świątyni. Ciężka sytuacja finansowa klasztoru utrudniała rozpoczęcie odbudowy. Senat Wolnego Miasta Krakowa odmówił augustianom jakiejkolwiek dotacji na ten cel.
W tym stanie rzeczy czyniono starania, aby zakonników przenieść do innego budynku poklasztornego przy kościele św. Marka lub do klasztoru potrynitarskiego (obecnie kościół Świętej Trójcy Zakonu Szpitalnego Braci Bonifratrów). Sprzeciw samych zainteresowanych i rozpaczliwe wysiłki ratowania świątyni doprowadziły w rezultacie do tego, że w 1833 r. powstał komitet odbudowy kościoła i klasztoru św. Katarzyny. Protektorem odbudowy został biskup krakowski, Karol Skórkowski. Położenie kościoła i klasztoru św. Katarzyny najlepiej odzwierciedlają słowa prowincjała z lat 1840-44, o. Adeodata Buczkiewicza: „Jednak ani trzęsienie ziemi, ani pogorzel tyle nie wywarły te żywioły władzy mocy do zaszkodzenia tej świątyni, ile wspomniany kościół upadł. W czasie nieszczęśliwego położenia krajowego i rozbiorowego kościół zabrano na magazyn, przez co zaniedbano i został w ruinie, w której i dotąd zostaje”. Działalność członków komitetu w latach 1832-1834 była skuteczna, gdyż zdołano ocalić ten gmach od zupełnej zagłady.
Przełomowym okresem był rok 1849. Nowo wybrany prowincjał, o. Zygmunt Franciszek Borgiasz Wołek, zaraz od początku swego urzędowania zajął się klasztorem krakowskim, którego był wychowankiem. W 1850 r. przeorem tego konwentu został o. Bonawentura Świętczak, który z nowym zapałem podjął dzieło restauracji i założył komitet odbudowy kościoła. Na ten cel uzyskał od cesarza Franciszka Józefa I pozwolenie na zbieranie składek na terenie całej monarchii. Dzięki temu w 1860 r. świątynia została odnowiona. W 1863 r. wybrano nowego przeora, o. Mikołaja Szpernogę, który zakończył odbudowę. 8 września 1864 r. ks. Henryk Metzke, kanonik katedry krakowskiej, w imieniu ks. biskupa Junoszy Gałeckiego, pobłogosławił świątynię. Waga tego wydarzenia nabiera szczególnego znaczenia, gdy weźmie się pod uwagę, że dopiero po 62 latach krakowscy augustianie mogli ponownie sprawować kult w kościele św. Katarzyny.
Nieustanne represje zaborców wobec Polskiej Prowincji Zakonu św. Augustyna spowodowały niemal całkowity jej upadek. Zakon, jako jeden z pierwszych w Europie, posiadający w Polsce kilkusetletnią tradycję, a u progu XIX wieku 262 zakonników w 23 domach, po kilkudziesięciu latach antypolskiej i antykościelnej polityki mocarstw sąsiednich miał już tylko jeden dom, klasztor św. Katarzyny, w którym mieszkało pięciu ojców, dwóch kleryków, dwóch nowicjuszy i dwóch braci laików.
Tylko wielkim wysiłkiem zesłanego przez władze rosyjskie z Warszawy prowincjała o. Zygmunta Wołka i jego współbraci udało się odbudować klasztor krakowski, który do końca XIX wieku pozostał siedzibą Komisarza Generalskiego. W 1904 r. został włączony do prowincji bawarskiej na warunkach unii personalnej, nie tracąc jednak polskiej tożsamości. Tak zakończyła się pewna epoka dziejów polskich augustianów, gdyż od tej pory podlegali oni ponownie władzy przełożonego prowincji bawarsko-niemieckiej.
Nadzieje generała zakonu, wyrażone jeszcze w 1877 r., że Polska Prowincja Zakonu Św. Augustyna będzie się odnawiać, zaczęły się konkretyzować już w sześć lat po przyłączeniu do prowincji bawarskiej.
W 1930 r. augustianie liczą już 28 członków w dwóch klasztorach. Od 1917 roku prowadzą pracę duszpasterską w parafii Prokocim (jedna z dzielnic Krakowa), gdzie powstaje kaplica pw. Matki Bożej Dobrej Rady. Przyczyniają się również do rozwoju Katolickiej Ligi Parafialnej, Arcybractwa Matki Bożej Pocieszenia, Bractwa Różańcowego, Kasy Pomocy. W roku 1931 rozpoczyna się budowa nowego kościoła. W roku 1934 ks. Arcybiskup Adam Sapieha święci kamień węgielny pod nową świątynię. Wybuch drugiej wojny światowej przerywa jednak te prace.
Najbardziej dotkliwym ciosem i bolesnym doświadczeniem dla Augustianów w okresie wojny były wydarzenia z 20 września 1941 roku. Gestapo wkroczyło wówczas do klasztoru. Aresztowano siedmiu ojców i jednego brata, których po przesłuchaniu w więzieniu przy ul. Montelupich wywieziono do obozów zagłady, Oświęcimia i Dachau. O. Wilhelm Gaczek, o. Józef Gociek, o. Krzysztof Olszewski, o. Edmund Wilucki i br. Wojciech Lipka już tam zostali. Z obozów powróciło tylko trzech ojców: o. Jacek Tylżanowski, o. Jan Pamuła i o. Bonifacy Woźny. Prowadzili oni nadal parafię w Prokocimiu, a w klasztorze św. Katarzyny urządzono bursę dla chłopców gimnazjalnych.
Skutki bolesnych wydarzeń, jakim było oddanie Polski po wojnie pod wpływy stalinowskiej polityki spowodowały, że 14 VII 1950 metropolita krakowski Adam Sapieha, z upoważnienia Stolicy Apostolskiej, rozwiązał zakon w Polsce, a zakonnicy zostali sekularyzowani.
Od 1989 r., dzięki przychylności ks. kardynała Franciszka Macharskiego, po raz wtóry próbujemy w Krakowie odbudować Polską Prowincję Zakonu Św. Augustyna. Nie zapominamy, że dzieje się to dzięki poświęceniu i determinacji wielu ludzi Zakonu, którym życie zeszło na przygotowaniu tego, co dziś w Polsce posiadamy i kim jesteśmy.
Pierwszym przeorem po powrocie augustianów do Krakowa został Amerykanin polskiego pochodzenia, O. William Faix z Prowincji Villanova, który podjął pracę odnowy życia wspólnoty zakonnej i odbudowy klasztoru.
Mimo tych przeróżnych tragedii klasztor św. Katarzyny służy nadal jako miejsce spotkań człowieka z Bogiem. Rozumieli to dobrze budowniczowie tej fundacji. Wierzyli, że trwałość ich pracy zapewni tylko mocna wiara, oparta na Chrystusie, który jest kamieniem węgielnym każdego ludzkiego wysiłku. Bo jedynie w taki sposób można budować kościół i klasztor nie tylko z cegły i kamienia, który przetrwa wieki, ale Kościół żywy, ponieważ żyje w nim Chrystus. I to jest największym dziełem budowniczych tej świątyni i tego klasztoru.
Opracowano na podstawie dokumentów archiwalnych klasztoru
i kościoła św. Katarzyny Aleksandryjskiej z Góry Synaj
Po pierwsze, dlatego zgromadziliście się w jedno, byście jednomyślnie mieszkali w domu i mieli jednego ducha i jedno serce skierowane ku Bogu.
[Reguła św. Augustyna I, 3]